Une technique déclarative pour filtrer des motifs topologiques de protéines

03/07/00


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Table of Contents

  1. Une technique déclarative pour filtrer des motifs topologiques de protéines

  2. Remerciements

  3. Plan

  4. Motifs de protéines

  5. TOPS

  6. Motivation

  7. Déscription topologique

  8. Eléments de structure secondaire

  9. Une tresse

  10. PPT Slide

  11. Générer les diagrammes TOPS

  12. Définitions formelles

  13. Motif ‘Tresse’

  14. Définition formelle de la Tresse

  15. Définition PC simplifiée

  16. Définition detaillée Bases de données: Atlas 3000 (2MB), PDB 24000+ (38MB)

  17. Filtrage de motifs

  18. Exemple

  19. PPT Slide

  20. Algorithme du filtrage

  21. Contraintes Topologiques

  22. Algorithme

  23. Algorithme (suite)

  24. Recherche topologique du motif de tresse

  25. Recherche dans l’atlas TOPS

  26. Motifs "jelly rolls"

  27. Exemples correspondants aux motifs

  28. Exemples correspondants aux motifs

  29. Temps d'exécution: contraintes par opposition au retour-arrière

  30. Base de données

  31. Base de données PDB en TOPS….

  32. Analyse des tournures gauchères ßaß

  33. Découverte motifs communs

  34. Apprentissage automatique

  35. Comparer 2 structures à partir d’un motif

  36. Comparaison topologique de structure: 2bop

  37. Comparer les structures - les domaines à NADP

  38. Dendrogramme de comparaisons

  39. Visualisation de comparaisons de paires (domaines CATH représentatifs)

  40. Evaluer les resultats

  41. Programmation Logique Inductive

  42. PLI

  43. Résumé

  44. Travaux en cours

  45. Ressources

 Author: drg

Email: drg@cs.city.ac.uk

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